差额事业事业单位是由财政进行差额拨款，主要意思是国家财政及相关部门拨款一部分，招聘单位负责一部分财政，待遇和收入在一定程度上挂钩。按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算；单位承担部分，由单位在税前列支，也可以说差额是按基数加增长的方式由财政负担，也就是财政给一部分，剩下的单位要自收自支的。
差额拨款单位的人员费用由国家财政拨款，其他费用自筹。这些单位的人员工资构成中固定部分为60%，非固定部分为40%。按照国家有关规定，差额拨款单位要根据经费自主程度，实行工资总额包干或其他符合自身特点的管理办法，促使其逐步减少国家财政拨款，向经费自收自支过渡，例如交通局。
