(一)适用范围不同
一般的劳动合同适用的主体为企业，聘用合同适用的范围主要为事业单位。企业的生产活动以营利为目的，事业单位从事的服务活动属于社会公益事业，在实现其经济效益的同时，把社会效益放在首位。
(二)政府干预的程度不同
作为聘用合同一方当事人的用人单位尚不是完全意义上的独立的市场主体，这一点与企业已在改革中成为独立的市场主体也有所区别。在一些重要方面对事业单位仍实行宏观管理，主要表现在以下方面：
1.编制管理。目前由核拨经费的事业单位仍实行严格的编制管理;
2.经费管理。事业单位的经费仍有全额补助、差额补助等形式;
3.工资制度。事业单位向聘用人员支付的工资报酬，主要是按照规定的标准支付。
(三)管理监督部门不同
按照国务院各部门的职能分工，目前，事业单位和企业分别由国务院人事部和劳动部对其进行宏观政策指导和监督。
