1、职能(收费职能)：一类事业单位完全没有收费职能，不具备收取费用和从事经营活动的资格。二类事业单位则是全部或者部分具备收费职能，可以收取服务费用。

2、财政供给方式：一类事业单位由财政全额供给。二类事业单位由财政差额供给。

3、参公(参照公务员法管理)：一类事业单位一般大多数单位都参公。二类事业单位则是全部不参公。

4、工资构成：一类事业单位执行职能工资。二类事业单位执行职称工资。

5、单位性质：一类事业单位主要是承担不能或不宜由市场配置资源的基本公益服务，例如义务教育阶段学校、科研单位、卫生防疫、工商管理等。二类事业单位承担可部分由市场配置资源的公益服务，例如普通高等教育机构、非营利医疗机构等。