主管药师考试科目全国统一，主管药师需要考的科目具体为基础知识、专业知识、相关专业知识和专业实践能力四科。主管药师四个考试科目的题量相同，每科均含100道试题，每道试题1分，试卷满分100分。

主管药师考试成绩实行连续两年滚动的管理办法，假设考生在2021年首次参加主管药师考试，那么在2021年+2022年这样连续的2年通过全部考试科目的就可取得证书。若未在2021年+2022年2个年度通过全部科目，那2021年通过的科目就要在2023年重新报考。依此类推。