事业单位合同和协议的法律效力不一样，合同目的为平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议；协议目的是为了更好地从制度上乃至法律上，把双方协议所承担的责任固定下来。它能监督双方信守诺言、约束轻率反悔行为，它的作用，与合同基本相同。