事业单位合同是需要放在档案里的，因为劳动合同需要放入档案。没有档案，劳动部门不会认证劳动合同的。人事档案的存放和签订劳动合同的关系：如果你与单位签定了劳动合同、单位又有人事档案管理权限，单位就必须为你免费办理、保管你的人事档案。如果单位没有人事档案管理权限，你在与单位签定劳动合同后应将人事档案托管到当地人才中心。