健康管理师证书由国家卫健委统一颁发、统一管理，健康管理师发证机构全称为“国家卫生健康委人才交流服务中心”。卫生部职业技能鉴定指导中心负责该职业的职业技能鉴定相关工作，是该职业国家职业资格唯一的认证单位。

健康管理师鉴定工作由全国统一组织，人才中心对鉴定合格者颁发人力资源社会保障部统一印制的《国家职业资格证书》，在“职业技能鉴定（指导）中心（印）”处加盖印章，并通过专门网站向社会提供证书查询服务。